Grundsätzlich ist es relativ egal, wo sich eine xml-Datei im Flugzeugordner befindet. Sie muss nur, direkt oder indirekt, von der -set.xml aufgerufen werden.
Ein Beispiel für solch einen Effekt findest Du in der ZivkoEdge:
https://sourceforge.net/p/flightgear/fgaddon/HEAD/tree/trunk/Aircraft/ZivkoEdge/Dort wird von der -set.xml die Models/ZivkoEdge540.xml aufgerufen (Zeile 34). Diese wiederum ruft die Models/SmokeTrail.xml (witzigerweise auch in Zeile 34) auf.
Das mal so grob zur Funktion. Bei Unklarheiten bitte das Problem genauer beschreiben, am besten mit einem Beispiel. Das macht das Erklären und Helfen um einiges einfacher und weniger ausführlich als ein komplettes Howto.
Jeder will den Himmel, aber keiner den Tod.